La plateforme SINBIOS offre aux unités en biologie et santé de la place Lilloise son expertise dans le management des données de recherche. D’une part, sur une activité de conception et d’exploitation de solutions logicielles et matérielles, pour améliorer l’acquisition, le stockage, le partage et la protection des données de recherche. D’autre part sur une activité d’intégration logicielle pour répondre à des besoins en traitement et analyse des données de recherche.
Les ingénieurs de la plateforme peuvent vous accompagner sur les problématiques de travail collaboratif et de data management dans vos projets de recherche (étude, conception, mise en production, maintenance). Chaque projet est réalisé sur mesure, en fonction de vos besoins. Nous sommes ouverts à toutes collaborations, académiques ou industrielles.
L'actualité de la plateforme
3/09/2024 - SINBIOS démarre une collaboration avec l'équipe de la plateforme IMAG'IC de l'Institut Cochin, dans le cadre d'un déploiement du logiciel OpenCID.
30/07/2024 - Grâce à une coopération avec la cellule réseau de la DGDNUM de l'université de Lille, SINBIOS est désormais capable d'offrir une bande passante de 10Gbit/s pour l'ensemble de ses services.
28/06/2024 - SINBIOS est désormais une plateforme labellisée par l'Université de Lille.
20/04/2024 - SINBIOS acccompagne l'équipe de Marc Lensink (Computational Molecular Systems Biology - UGSF) sur l'expérience communeautaire CASP/16. Il s'agit d'une compétition internationale de prédiction de structures de protéines qui se déroule tous les deux ans. Elle permet d'identifier les meilleurs modélisateurs au monde, les meilleurs méthodes et les meilleurs serveurs de prédictions. Afin de pouvoir mettre à disposition des évaluateurs la masse de données générées par l'équipe de Marc Lensink (plusieurs téraoctets), SINBIOS a déployé une instance Nextcloud dédiée à cette expérience.
2/02/2024 - SINBIOS a déployé un nouveau service de transfert de fichier très volumineux pour la plateforme GO@L. Ce service est accessible depuis une simple interface Web. Il permet aux collaborateurs de la plateforme d'échanger des données de plusieurs téraoctets très simplement, en s'affranchissant du transport de disques externes. Vous pouvez nous contacter si vous avez ce type de besoin, même de manière très ponctuelle.
Les prestations
Gestion de la donnée
Nous disposons d'une grande expertise dans la gestion des données de recherche, que ce soit d'un point de vue technique ou organisationnel.
Travail collaboratif
Nous proposons une solution bureautique entièrement paramétrable qui facilitera le travail collaboratif au sein vos projets de recherche.
Intégration logicielle
Nous possédons une expertise en système, réseau et virtualisation, pour intégrer des suites logicielles pour vos activités de recherche.
Conseil
Nous pouvons vous conseiller pour choisir la solution informatique la plus adaptée à votre projet de recherche.
Formation
Nous pouvons former vos équipes à l'installation et la configuration de logiciels scientifiques sur les systèmes Linux.
Sécurité
Nous pouvons vous accompagner sur des aspects techniques et organisationnels pour renforcer la sécurité de vos données de recherche.
L'équipe de la plateforme
Geoffrey
Ingénieur CNRS - administrateur systèmes et réseaux
Jérémy
Ingénieur CNRS - administrateur des systèmes d'information
Judicaël
Apprenti CNRS - gestionnaire d'infrastructures
Karl
Ingénieur CNRS - expert en infrastructures
Intégration logicielle
OMERO
OMERO est une solution logicielle de type client-serveur permettant la visualisation, la gestion et l’analyse d’images de microscopie et les méta données associées. Plus de 140 formats de fichiers d’images sont pris en charge, y compris tous les principaux formats des microscopes commerciaux. C’est une solution full-web, qui dispose de fonctionnalités de partage et de visualisation répondant aux exigences des plans de gestion de données. Nous avons déployé cette platforme en 2021 pour le BioImaging Center Lille (BICeL). La solution héberge aujourd'hui plusieurs milliers d'images.
Travail collaboratif
ONLYOFFICE + Nextcloud
OnlyOffice est une suite collaborative en ligne permettant de produire, de modifier et partager des documents bureautiques compatibles au format de fichiers Microsoft. Tous les documents sont stockés sur un espace sécurisé géré par nos soins. Nous avons intégré cette suite à la solution de partage de fichiers NextCloud pour offrir aux porteurs de projets, une solution clé en main pour la gestion des données de leurs projets de recherche. Elle permet à l’ensemble des collaborateurs d’un projet d’accéder facilement aux données. C’est une solution que nous développons sur mesure, à votre usage unique, en adéquation avec vos besoins.
Intégration logicielle
Huygens Core
Huygens Core est une suite logicielle de traitement d'images conçue pour la restauration, la visualisation et l'analyse d'images microscopiques. A travers une interface Web, Huygens Core est capable de déconvoluer une grande variété d'images allant des images 2D à champ large aux images séries temporelles confocales multi-canaux multi-photons 4D. SINBIOS a intégré cette suite logicielle pour le BioImaging Center Lille (BICeL). Nous avons également déployé le module Remote Manager interconnecté au serveur OMERO de la plateforme pour permettre aux utilisateurs de traiter simplement des images par lots, depuis leur navigateur Web.
Gestion des donnés de recherche
Stockage, partage et sauvegarde
Nous gérons les données de recherche de plusieurs équipes de la région. Nous garantissons la disponibilité, l’accessibilité, l’intégrité et la sécurisation de ces données. Nous travaillons en partenariat avec les acteurs de la région pour bénéficier d’infrastructures techniques performantes. nous proposons deux types de prestations. Une prestation de stockage pour les données chaudes issues d’équipements scientifiques, pour lesquels nous pouvons construire des architectures spécifiques. Et une prestation de stockage pour les données froides, à des fins de conservation sur le plus long terme. Cette prestation se distingue par le fait que nous proposons une accessibilité aux données, en termes de protocole et de sécurité, adaptées aux besoins des utilisateurs.
Intégration logicielle
Digital Slide Archive
DSA est une plateforme web pour l'analyse, la visualisation, la gestion et l'annotation de données d'imagerie de pathologie numérique sur lames entières. Elle permet de stocker, de gérer, de visualiser et d'annoter de grands ensembles de données d'imagerie. C’est une plateforme qui, à travers des technologies de conteneurisation avancées, se compose d'une boîte à outils d'analyse (HistomicsTK), d'une interface pour visualiser les diapositives et gérer les annotations (HistomicsUI), d'une couche de base de données (utilisant Mongo) et d'un serveur web qui fournit une API riche et des outils de gestion des données (utilisant Girder). Nous avons intégré cette plateforme dans le cadre d'une collaboration avec le CHU de Lille.