OnlyOffice est une suite collaborative en ligne permettant de produire, de modifier et partager des documents bureautiques compatibles au format de fichiers Microsoft. Tous les documents sont stockés sur un espace sécurisé géré par nos soins. Nous avons intégré cette suite à la solution de partage de fichiers NextCloud pour offrir aux porteurs de projets, une solution clé en main pour la gestion des données de leurs projets de recherche. Elle permet à l’ensemble des collaborateurs d’un projet d’accéder facilement aux données. C’est une solution que nous développons sur mesure, à votre usage unique, en adéquation avec vos besoins.

Afin de proposer une solution parfaitement adaptée, nous prenons le temps d’échanger avec chaque porteur de projet pour analyser ses besoins précis. Cette approche nous permet d’ajuster finement la configuration des espaces de travail et d’optimiser leur ergonomie.

Nous offrons également la possibilité de tester une maquette très rapidement, permettant aux équipes de se familiariser avec l’outil et de valider son adéquation avant un déploiement définitif.

Notre engagement va au-delà de la mise en place technique : nous assurons un suivi régulier et restons disponibles pour accompagner les utilisateurs, ajuster les configurations et faire évoluer la solution en fonction des besoins.

Avec SINBIOS, chercheurs et porteurs de projet disposent d’un environnement de travail collaboratif performant, sécurisé et entièrement adapté, leur permettant de se concentrer pleinement sur leurs recherches.

Les porteurs des projets ANR Mustart et Restoltb, du projet Européén IMI Horizon 2020 ERA4TB ainsi que les organisateurs de la compétition CASP-CAPRI nous ont fait confiance.

DSA est une plateforme web pour l'analyse, la visualisation, la gestion et l'annotation de données d'imagerie de pathologie numérique sur lames entières. Elle permet de stocker, de gérer, de visualiser et d'annoter de grands ensembles de données d'imagerie. C’est une plateforme qui, à travers des technologies de conteneurisation avancées, se compose d'une boîte à outils d'analyse (HistomicsTK), d'une interface pour visualiser les diapositives et gérer les annotations (HistomicsUI), d'une couche de base de données (utilisant Mongo) et d'un serveur web qui fournit une API riche et des outils de gestion des données (utilisant Girder).

Nous avons été sollicités pour collaboration dans le cadre d'un appel à projet "Jeune Chercheur" du CHU de Lille. Nous avons collaboré avec le porteur de projet pour déterminer les prérequis techniques d’une station d’analyse équipée de CPU puissants et de GPU afin de maximiser les performances tout en restant dans le budget alloué à ce projet.

Nous avons ensuite apporté notre expertise dans l’installation et la configuration du système afin de rendre interopérables plus de quinze conteneurs Docker nécessaires au bon fonctionnement de la solution. Nous avons également optimisé certains conteneurs afin de tirer le maximum de puissance des GPU.

A la demande du porteur de projet, nous avons ajouté un serveur Orthanc sur cette station. Orthanc est un logiciel libre et open-source conçu pour gérer et stocker des images médicales, en particulier celles au format DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine). Il sert principalement de serveur PACS (Picture Archiving and Communication System) léger et modulaire, permettant aux établissements de santé de gérer leurs données d'imagerie médicale.

Lors du premier appel à soutien lancé en 2024, SINBIOS a été sollicité par la plateforme GO@L (Génomique @ Lille) pour mettre en place une solution sécurisée d’échange de fichiers entre l’Institut Pasteur de Lille et le CHU. Cette plateforme génère des jeux de données de séquençage pouvant atteindre jusqu’à 1 téraoctet. Cependant, en raison des mesures de sécurité informatique mises en place sur les différents sites, l’utilisation de protocoles traditionnels comme FTP ou SFTP était impossible.

Après une analyse des contraintes techniques du projet – accessibilité, sécurité et flux réseau –, les ingénieurs de SINBIOS ont proposé la mise en place d’une instance dédiée de FileSender. Cette solution, spécialement configurée pour la plateforme GO@L, permet l’envoi de fichiers sans limite de taille et n’est accessible que depuis les sites concernés.

Interconnectée avec son propre annuaire, cette instance de FileSender offre également la possibilité aux administrateurs de créer des comptes personnels pour les utilisateurs non référencés dans la fédération d’identité Renater, garantissant ainsi un accès sécurisé et maîtrisé aux échanges de données.

L’équipe travaille maintenant à la mise à disposition d’une API Rest permettant de déposer des fichiers via des scripts python.

Depuis janvier 2025, SINBIOS propose désormais cette solution dans son offre de service, toujours sur la base d’une instance dédiée.