Appel à soutien 2023
L'appel de soutien annuel de SINBIOS est ouvert jusqu'au
27 octobre 2023
Vous pouvez télécharger le dossier de candidature disponible ci-contre aux formats .pdf, .odt ou .docx.
La plateforme SINBIOS est une des 8 plateformes de l’unité CNRS UAR2014 – Inserm US41 - Plateformes Lilloises en Biologie et Santé. Elle permet aux unités de recherche en biologie et santé de la métropole lilloise de bénéficier d’un soutien informatique dans les domaines suivants :
la gestion des données de recherche, en termes de stockage, partage, conservation et sécurisation ;
l’intégration logicielle avec l’étude, l’installation et la configuration de solutions logicielles et matérielles pour optimiser la collecte, le stockage et l'analyse de vos données de recherche ;
la construction sur mesure d’espaces de travail collaboratif sécurisés pour vos projets de recherche ;
le conseil dans le choix des technologies informatiques les plus appropriées pour vos activités de recherche ;
l’aide à l'installation et la configuration des logiciels scientifiques disponibles sur les systèmes Linux, avec possibilité de formation ou transfert de compétences pour vos équipes.
Les domaines d'expertise
Gestion de la donnée
Nous disposons d'une grande expertise dans la gestion des données de recherche, que ce soit d'un point de vue technique ou organisationnel.
Travail collaboratif
Nous proposons une solution bureautique entièrement paramétrable qui facilitera le travail collaboratif au sein vos projets de recherche.
Intégration logicielle
Nous possédons une expertise en système, réseau et virtualisation pour intégrer des suites logicielles complexes.
Conseil
Nous pouvons vous conseiller pour choisir la solution informatique la plus adaptée à votre projet de recherche.
Formation
Nous pouvons former vos équipes à l'installation et la configuration de logiciels scientifiques sur les systèmes Linux.
Sécurité
Nous pouvons vous accompagner sur des aspects techniques et organisationels pour renforcer la sécurité de vos données de recherche.
L'équipe de la plateforme
Intégration logicielle
OMERO
OMERO est une solution logicielle de type client-serveur permettant la visualisation, la gestion et l’analyse d’images de microscopie et les méta données associées. Plus de 140 formats de fichiers d’images sont pris en charge, y compris tous les principaux formats des microscopes commerciaux. C’est une solution full-web, qui dispose de fonctionnalités de partage et de visualisation répondant aux exigences des plans de gestion de données. Nous avons déployé cette platforme en 2021 pour le BioImaging Center Lille (BICeL). La solution héberge aujourd'hui plusieurs milliers d'images.
Travail collaboratif
ONLYOFFICE + Nextcloud
OnlyOffice est une suite collaborative en ligne permettant de produire, de modifier et partager des documents bureautiques compatibles au format de fichiers Microsoft. Tous les documents sont stockés sur un espace sécurisé géré par nos soins. Nous avons intégré cette suite à la solution de partage de fichiers NextCloud pour offrir aux porteurs de projets, une solution clé en main pour la gestion des données de leurs projets de recherche. Elle permet à l’ensemble des collaborateurs d’un projet d’accéder facilement aux données. C’est une solution que nous développons sur mesure, à votre usage unique, en adéquation avec vos besoins.
Intégration logicielle
Huygens Core
Huygens Core est une suite logicielle de traitement d'images conçue pour la restauration, la visualisation et l'analyse d'images microscopiques. A travers une interface Web, Huygens Core est capable de déconvoluer une grande variété d'images allant des images 2D à champ large aux images séries temporelles confocales multi-canaux multi-photons 4D. SINBIOS a intégré cette suite logicielle pour le BioImaging Center Lille (BICeL). Nous avons également déployé le module Remote Manager interconnecté au serveur OMERO de la plateforme pour permettre aux utilisateurs de traiter simplement des images par lots, depuis leur navigateur Web.
Gestion des donnés de recherche
Stockage, partage et sauvegarde
Nous gérons les données de recherche de plusieurs équipes de la région. Nous garantissons la disponibilité, l’accessibilité, l’intégrité et la sécurisation de ces données. Nous travaillons en partenariat avec les acteurs de la région pour bénéficier d’infrastructures techniques performantes. Sans aller jusqu’à la prise en charge de la gestion de vos données, nous pouvons vous accompagner dans le choix d’une solution pour renforcer la sécurité de vos données de recherche.
Intégration logicielle
Digital Slide Archive
DSA est une plateforme web pour l'analyse, la visualisation, la gestion et l'annotation de données d'imagerie de pathologie numérique sur lames entières. Elle permet de stocker, de gérer, de visualiser et d'annoter de grands ensembles de données d'imagerie. C’est une plateforme qui, à travers des technologies de conteneurisation avancées, se compose d'une boîte à outils d'analyse (HistomicsTK), d'une interface pour visualiser les diapositives et gérer les annotations (HistomicsUI), d'une couche de base de données (utilisant Mongo) et d'un serveur web qui fournit une API riche et des outils de gestion des données (utilisant Girder). Nous avons intégré cette plateforme dans le cadre d'une collaboration avec le CHU de Lille.